A Arrels considerem que els salaris aplicats són justos segons la dedicació i responsabilitat que implica cada lloc de treball. Al sector social vivim en una dicotomia quan es parla de salaris: si els sous són baixos, es titlla el sector d’abusar de les persones treballadores però si són “justos” es titlla el sector d’incoherent. Nosaltres apostem per salaris dignes i, per això, els salaris del personal fix a Arrels són superiors als que marca el Conveni Col·lectiu de Catalunya d'Acció Social amb infants i joves, famílies i d'altres en situació de risc.
El rati salarial és d'1 a 3'1. Segons la Norma Tinbergen, es considera que el màxim socialment acceptable entre els sous ha de ser d’1 a 5.
El salari del director, únic càrrec directiu de l’entitat, es fa públic de forma anual a les auditories tal i com exigeix l'article 15.2 de la "Llei 19/2014, de 29 de desembre, de transparència, accés a la informació pública i bon govern" :
El sou del director va ser aprovat al fer el nomenament el setembre de 2012 i no s’ha aplicat cap increment des de llavors.